A estação vira outono. A luta do protagonista e seu grupo S.E.E.S. com os estranhos monstros chamados 'Shadows' está cada vez mais próxima do fim. Makoto e seus aliados se envolvem em batalhas de vida ou morte com Sombras para acabar com a Hora das Trevas. Através das batalhas, alguns devem enfrentar a morte de amigos e familiares, alguns devem perceber quais coisas preciosas devem ser protegidas, e alguns devem encontrar sentido nas batalhas que ocorreram. Na frente de Makoto, o misterioso estudante de transferência Ryouji Mochizuki aparece. Quando o grupo cumprimenta uma nova manhã, as engrenagens do destino começam a girar. Uma luta girando em torno dos laços de cada um dos heróis começa...
